南开大学以教育部检查组科研项目及经费管理专项检查工作为契机，举一反三，制定方案，完善制度，着力构建加强科研经费管理长效机制。
一是认真研究制定整改方案。校长办公会专题听取科研管理专项检查情况的汇报，逐个问题具体分析，逐条研究整改措施，并责成校内有关部门、单位和人员会后立即着手落实。校领导班子还就科研经费专项检查情况在一定范围进行通报，持续自查，毫不松懈。
二是深入开展科研法规宣传和诚信教育。采用多种形式加大对国家和教育部相关文件的宣传力度，把科研政策法规培训纳入教师培训规划，不断增强科研人员的责任意识和政策法制观念。大张旗鼓开展科研诚信宣传教育，建立科研项目诚信档案，将科研诚信纳入教师考核内容，把科研诚信记录作为项目立项申报的重要依据。
三是完善学校科研管理制度。认真贯彻国家和教育部规范科研管理的文件精神及检查组要求，严格落实学校科研项目管理的综合性指导意见和管理办法、学校加强科研队伍建设和规范科研人员行为的办法以及学校在科研项目和经费管理中的其他具体实施办法。推动二级单位制定相关工作细则，督促其在学校政策框架内，结合本单位特点建立健全相关管理制度，切实履行监管职责。
四是加强科研项目和经费管理。健全科研经费管理风险防控机制，建立科研合作、采购利益相关单位回避制度，严格遴选，加强对合作单位资质、科研合作能力、是否与项目负责人存在利益关系等的审核，确需与利益相关单位合作的要进行特别说明或公示。升级科研项目管理系统，并与财务系统进行数据对接，提高管理效率。强化财务管理手段，建立项目负责人签字审批环节。建立财务核算发票审验制度，公布提供假发票单位“黑名单”，要求课题组、专业学院加大对发票真伪的审验力度，数额较大的发票在报销时须附税务局网站验真结果。推进各类劳务费、专家咨询费的银行转账支付。
五是严格执行招标采购制度。加强对学校电子商城供货商资质审验，积极创造条件尝试对供货商进行招标遴选。严格执行招标采购制度，将10万元以上的大宗试剂耗材和咨询服务项目纳入招标管理范围，规避采购风险。
六是健全科研服务体系。推动学校部门、专业学院和课题组等不同层面，形成结构和规模相对合理、专职与辅助相结合的专业化科研服务队伍，提供科研项目全过程的管理服务。加强专业学院服务能力建设，鼓励设立科研经费管理服务机构和岗位，鼓励聘请科研事务管理助手，指导、帮助科研人员科学合理编制和执行预算，提供采购、保管科研设备及实验材料等相关服务。
七是加强科研项目和经费使用监督管理。发挥内部监督职能，加强纪律监督、审计监督和会计监督以及管理控制，根据各类科研项目的研究周期、任务要求和研究特点开展科研项目全过程监督检查。对重大科研项目实行全过程跟踪审计，加强预警，防范违规风险。逐步建立项目基本信息、绩效、违规行为等情况的校内公开、公示制度。学校科研主管部门和项目申请人共同对需要签订的科研合作协议（合同）进行审核把关，保障学校和科研人员的正当权益。
